不僅是高企申報(bào)本身，還有申報(bào)所需資質(zhì)的申請政策也在不斷變動，企業(yè)很少有時(shí)間和精力去研究這些五花八門的政策。

高企審查第一階段就是地方科技、稅務(wù)部門初審，這里出問題都到不了專家手里。然而許多企業(yè)的財(cái)務(wù)核算并不規(guī)范：研發(fā)費(fèi)用含無形資產(chǎn)攤銷金額，財(cái)務(wù)報(bào)表中無無形資產(chǎn)、會計(jì)報(bào)表沒有研發(fā)核算、多個(gè)研發(fā)項(xiàng)目的研發(fā)經(jīng)費(fèi)雷同、研發(fā)費(fèi)用大于管理費(fèi)用等，另外要各類報(bào)表數(shù)據(jù)不一致也是個(gè)大問題。想要搞定財(cái)務(wù)核算，絕對要經(jīng)歷一番大折騰。

部分企業(yè)是純粹為了申報(bào)高企而報(bào)專利，全部是實(shí)用新型，報(bào)的專利技術(shù)性不強(qiáng)，造成了知識產(chǎn)權(quán)與研發(fā)項(xiàng)目和產(chǎn)品的關(guān)鍵技術(shù)完全不搭界。

2016年重點(diǎn)關(guān)注科技成果轉(zhuǎn)化，不僅要求年平均轉(zhuǎn)化5項(xiàng)以上，還需要將企業(yè)的科技成果進(jìn)行描述，要描述出技術(shù)成果是什么，怎么轉(zhuǎn)化的，應(yīng)用在哪個(gè)產(chǎn)品中，應(yīng)用的效果如何，是否產(chǎn)生收益，并且做到一一對應(yīng)，很多企業(yè)在此處吃了虧，且不說數(shù)量，首先知識產(chǎn)權(quán)跟項(xiàng)目和產(chǎn)品嚴(yán)重不匹配，明明成果與產(chǎn)品不相關(guān)硬要扯上關(guān)系，這就很難過關(guān)了。

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申報(bào)的項(xiàng)目需要符合高新申報(bào)領(lǐng)域的要求，且因?yàn)樵u價(jià)指標(biāo)中對科技成果轉(zhuǎn)化有數(shù)量要求，因此要求企業(yè)對研發(fā)項(xiàng)目進(jìn)行科學(xué)的設(shè)計(jì)和安排，一方面滿足實(shí)質(zhì)的高新技術(shù)的要求，另一方面也要滿足數(shù)量的要求。

對研發(fā)項(xiàng)目與產(chǎn)品的技術(shù)說明和證明材料的整合與挖掘不到位，在申報(bào)過程中出現(xiàn)對產(chǎn)品描述不清，技術(shù)性不強(qiáng)，佐證材料五花八門的情況。

科研人員比例不達(dá)標(biāo)、科技研發(fā)人員社保未購買、研發(fā)人員不滿足183天、人員花名冊的結(jié)構(gòu)不合理、研發(fā)機(jī)構(gòu)名稱與管理水平中的文件存在矛盾、研發(fā)費(fèi)用中的研發(fā)人員工資與人員花名冊中的人員數(shù)量存在矛盾等，都是需要下大功夫整理和調(diào)整的。

例如，申報(bào)人員不了解最新政策，不能做到整理材料有的放矢；不具備撰寫任何技術(shù)資料的能力，不能通過圖文并茂的形式充分展示出企業(yè)的技術(shù)創(chuàng)新性；資料審核和上傳不嚴(yán)格，漏洞百出等。